Ecosistemas:
El área del Parque está conformada por planicies estructurales amazónicas y terrazas sedimentarias, así como vegetación de bosques húmedos tropicales medios y altos y bosques inundables.
Hidrografía y clima:
El PNN Río Puré hace parte de la extensa planicie amazónica y su abundancia hidrográfica se ve reflejada en infinidad de cursos hídricos entre los que sobresalen el Río Puré, los quebradones Arapa, Ayo, Agua Negra, Agua Blanca, Pintadillo, y muchos más pequeños que directa o indirectamente desembocan al cauce del río Puré, que posteriormente ofrece sus aguas al Caquetá, el cual, en territorio brasilero es denominado Japurá.
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